本发明公开一种基板通孔残段效应的抑制方法及其结构，应用在具有通孔(via)以电性连接第一导线与第二导线的基板中，本发明主要是借由改变该第一导线及第二导线连接到该通孔的局部线段的宽度，以改变该第一导线及第二导线本身的阻抗值匹配于该通孔残段的阻抗值，减少通孔残段的阻抗不匹配效应，实现设计频率点的阻抗匹配，提升信号经过该第一导线、通孔与第二导线传输后的信号完整性。本发明提出的基板通孔残段效应的抑制方法及其结构是借由阻抗匹配的方式提升信号传输的完整性，在不需增加额外的制作成本，以及不影响基板上可用布线空间的前提下，避免通孔开路残段的残存电容，电阻等负面效应。