本发明提供一种通孔刻蚀方法，包括提供一复合结构，复合结构包括一第一材质介质层，及覆盖于第一材质介质层上表面的第二材质介质层，第二材质介质层中包括一介质层，填充于一第一金属层及一第二金属层之间，并覆盖第一金属层露出第二金属层的部分，以及第二金属层的上表面；提供一掩膜覆盖复合结构；通过掩膜，刻蚀复数个通孔；提供一刻蚀选择比，根据刻蚀选择比逐次刻蚀复数个通孔，并于每次刻蚀后调整刻蚀选择比，降低第一材质介质层和/或介质层的刻蚀量，以使复数个通孔的底部停留在不同的深度。本发明技术方案的有益效果为：既保证了通孔形貌，同时又能控制不同目标位置的通孔能够各自停止在需要的深度。