由于质谱系统的大多数离子光学器件经受离子沉积且可在受到严重污染之后表现出明显不同的行为(例如，丧失灵敏度)，因此必须定期清洁污浊的表面以维持灵敏度。虽然前端组件(例如，帘幕板、孔口板、Qjet、Q0、IQ0)的表面可相对容易清洁，但下游高真空腔室内所含有的组件(例如，Q1、IQ1)的污浊可导致极大的延迟及花费，这是因为在清洁之前必须将高真空腔室排气且基本上拆解。本文提供用于对质谱仪系统的组件的污染加以控制的方法及系统。通过在非数据获取周期期间减少污染离子的传输，本发明教示可提高吞吐量、改善稳健性及/或缩短对污浊的组件进行排气/拆解/清洁通常所需的停机时间。