本发明提供了一种薄膜电池返工方法及薄膜电池制程返工系统，其中方法包括：确定待返工的薄膜电池是否位于第一目标位置；若是，发送驱动指令至驱动装置；所述驱动装置根据所述驱动指令驱动所述机械刮刀刮除所述薄膜电池的失效膜层，而保留有效膜层及用于承载所述有效膜层的基板；移动经所述机械刮刀刮除后的所述薄膜电池至第二目标位置。本发明中的薄膜电池返工方法通过刮除薄膜电池上的失效膜层而仅保留基板及有效膜层，使得薄膜电池生产过程中产生的不良品或废品可以重新回收再利用，降低不良品及废品的比例，从而降低整体的生产成本。