本发明公开了一种益生菌双层微胶囊及其制备方法。本发明制备的益生菌双层微胶囊在胃和小肠不被溶解，到达大肠后20min内被降解，使益生菌体能更好地定植于肠道，进一步改善宿主的肠道环境，有益于肠道健康；本发明添加了抗性淀粉作为益生元，显著提高了菌体的生存率，增强了益生菌在胃肠道环境中的耐受力；本发明通过两次制囊，建立了具有多层体系的微胶囊，克服了现有单层微胶囊容易失水的缺点，增强了微胶囊的稳定性，使其在各种益生菌制品中能更好的发挥作用；本发明的微胶囊可以更好的保护菌体，延长菌体的贮存期至少一倍以上，在肠道的分散性和溶解性较好，且适宜于空气/液体多环境情况下的贮存和不同类型食品中的添加。