一种版图单元快速匹配的方法及装置，包括以下步骤：1）分别读取不同版图数据，对所有单元的单元特征并进行数值标记；2）对每个单元的所有特征的标记数值进行计算，获得每个单元对应的存储地址；3）根据每个单元对应的存储地址存储对应的单元；4）检查单元是否匹配；5）分别存储已匹配单元和未匹配单元，并对未匹配单元进行数值标记。本发明的一种版图单元快速匹配的方法及装置，能够缩短版图的单元之间的匹配时间，提高版图设计与检查的效率，利于设计人员使用版图比较工具时快速发现两个版图之间的差异性。