本发明公开了一种使用透射电子显微镜确认晶体手性的方法，其特征在于，首先根据不同手性晶体的对称性确定合适的晶带轴，然后使用球差校正的透射电子显微镜将晶体转至特定的晶带轴，并拍摄沿不同晶带轴方向的系列扫描透射电子显微高分辨图像，结合左右手性结构的图像模拟结果，根据特定晶带轴方向高分辨图像中观测到的、与左右手性结构相关的、不同的原子排列。本发明突破了传统的使用多个晶胞平均信息的衍射方法的局限性，利用球差校正扫描透射电子显微镜高分辨成像，在亚原子分辨率下确认晶体局部区域的左右手性，简便易操作，具有普适性。