本发明公开了一种基于重构残差编码器的荧光光谱有机污染预警方法。该方法先对采集到的经过散射预处理后未受有机污染的离线饮用水三维荧光光谱数据，对饮用水光谱样本进行重采样，然后使用光谱数据构建重构残差编码器模型以还原原始光谱，通过残差计算方法求出每个样本还原光谱与原始光谱的残差值，并根据离线数据的重构残差的数值分布确定判别阈值。在检测阶段，样本输入到重构残差编码器模型中，计算还原的荧光光谱与原始光谱间残差值，通过离线模型确定的阈值法对饮用水的突发性有机污染事件进行检测，以实现饮用水中有机污染的及时预警。本发明检出率较高，且误报率较低，适用于突发的、未知有机污染物造成的有机物水污染事件的检出。