本实用新型提供一种柔性基底纳米孔结构及柔性基底纳米孔阵列，包括柔性基底和纳米孔结构，纳米孔结构形成于孔基底上，纳米孔结构包括纳米孔腔、纳米孔，纳米孔腔贯穿孔基底，纳米孔是纳米孔腔的一端开口，纳米孔腔呈非线性缩小腔体或线性缩小腔体向纳米孔延伸；还包括：光栅，由多组光栅槽构成；孔保护膜，覆盖光栅和纳米孔腔；金属层，覆盖孔保护膜，以缩小纳米孔尺寸至1～100nm；流体腔。每个纳米孔结构含一个覆盖金属层的等离激元光谱纳米孔，纳米孔周围是布拉格光栅反射镜，实现柔性基底制备；单个纳米孔的尺寸小，具有不易被外力折断，满足恶劣环境下的测序有益效果；金属层表面局域等离激元增强电场与距离呈指数衰减，提供亚纳米的空间分辨率。