一种灭菌柜的在线灭菌系统，包括本体，设置于所述本体上的蒸汽管路与排料管路，设置于所述本体上的灭菌管路，所述灭菌管路包括第一管道，依次固定安装于所述第一管道上的第一阀门与第二阀门，位于所述第一阀门与所述第二阀门之间的过滤器。本实用新型中，在灭菌程中，关闭第一阀门，打开第二阀门，同时间歇性关闭第三阀门，使得通过蒸汽管路进入到柜体内部的蒸汽经过第一管道、第二阀门进入到空气过滤器内部，对整个灭菌管路进行灭菌，防止产生灭菌死角，同时由于间歇性关闭第三阀门，使得蒸汽在空气过滤器内部产生的冷凝水及时的排出，以使得空气过滤器的滤芯处于较容易的干燥状态，可以较为容易的对空气过滤器进行吹干。