本发明涉及机器人领域，公开了一种机器人用户坐标自动标定系统及其标定方法，标定系统包括设置在机器人上的非接触式测量的位移传感器、设置在待建立用户坐标系的工件上且位于位移传感器测量范围内的标定块以及与位移传感器和机器人通信连接的计算机，标定块表面至少包括三个相互垂直的表面。标定方法步骤为：安装布置机器人用户坐标自动标定系统；建立机器人坐标系；机器人执行测量动作，计算机记录位移传感器的测量结果及对应各测量位置的机器人位置与姿态信息；计算机根据测量结果计算标定结果，完成对用户坐标的标定。本发明标定过程可以在计算机的控制下自动进行，不会产生人为误差，标定精度和效率高；且适用于任何形状的工件的标定。