本发明提供了一种无人驾驶列车控制系统的控制方法，其特征在于：所述控制系统包括中心云计算单元和多个边缘云计算单元，边缘云计算单元包括深度学习模型模块和智能算法模块；中心云计算单元负责深度学习模型的构建和训练，部署于各个子线路的边缘云计算单元采用双模工作模式控制无人驾驶列车的运行，同时收集样本数据反馈给中心云计算单元的数据库模块以增强训练样本数据集。采用本发明所述的控制方法，能减少深度学习模型的过拟合，提高其泛化能力，以提高整个控制系统的抗干扰能力和控制效率，以实现更灵活性、实时性和高效性地控制无人驾驶列车平稳、高效运行。