本发明涉及新能源技术领域，具体涉及一种降低燃料电池电导率的系统和控制方法，所述系统与燃料电池相连；所述燃料电池具有进水口和出水口，所述降低燃料电池电导率的系统包括储存单元和控制器，所述储存单元上具有进口和出口，所述出口与进水口连通，所述进口与出水口连通；所述出口与进水口之间设置有循环泵，所述进口与出水口之间依次具有第一阀门、第二阀门和电导率仪；所述控制器根据电导率仪控制第一阀门、第二阀门以及循环泵；本申请能够适用于燃料测试系统测试过程中降低冷却液电导率，使得燃料电池测试系统中无需设计配置去离子罐，有效地解决了现有燃料电池测试系统需要频繁更换离子交换罐的问题，可自动完成冷却液的补充和排放。