本发明涉及生物信息领域，具体地，本发明涉及基于片段化模式的预测肿瘤风险值的方法、系统和计算机可读介质。本发明提供基于片段化模式的预测肿瘤风险值的方法，同时比较总体不同片段的比例，也观察不同染色体区域上的差异。发明人还发现使用P100的效果最好，能更好的区分癌症和正常。针对不同染色体区域上短的插入片段与长的插入片段间的变化，最根本的原因是这个比值的偏离程度。因此，创新的通过计算差异总和来预测癌症和正常人，相比于发表的方法，算法更加简单，计算资源少，特征少，稳定性和普适性强，减少过拟合的可能。而且，还更加简单直观，便于理解。