本发明公开了一种净水系统及其控制方法，其涉及水处理技术领域，净水系统包括：水处理单元；与所述水处理单元相连通的含氯无机盐溶液生成机构；混合调节机构，其分别能与所述水处理单元、所述含氯无机盐溶液生成机构相连通，所述混合调节机构能够控制所述含氯无机盐溶液生成机构输出的含氯无机盐溶液和所述水处理单元输出的净水的混合比例并输出；电解单元，所述电解单元用于对含氯无机盐溶液生成机构输出的溶液进行电解以生成具有消杀作用的水。本申请能够输出纯水和具有消杀作用的水，以满足用户方便快捷的完成消杀清洗的需求。