本发明提供一种净水系统及其控制方法，净水系统包括：复合滤芯组件、预处理滤芯和后处理滤芯，复合滤芯组件包括：原水进口、产水出口、废水出口、第一滤芯和第二滤芯，第一滤芯包括第一中空纤维过滤膜丝，第二滤芯包括第二中空纤维过滤膜丝，原水进口进入的水能够经过第一滤芯过滤，未进入第一滤芯的内部的水能够经过第二滤芯过滤，并在过滤时进入第二中空纤维过滤膜丝的内部并最终通过产水出口导出，未进入第二滤芯的内部的水能够与废水出口连通并导出；还包括清洗系统，所述清洗系统能够对所述复合滤芯组件进行单独水洗或水气混合清洗。通过本发明既保证了过滤效果又提升了回收效率，同时还减少了净水机整体体积。