本实用新型公开了一种多通道自动切换的荧光显微镜，涉及荧光显微镜。包括：底座；安装架，设有第一、二横杆；荧光相机，设在安装架顶部；镜筒，设在第一横杆上，镜筒底部设有一圈滑轨；旋转盘，套设在镜筒上，镜筒和旋转盘之间设有卡合结构；旋转盘底部设有若干滑轮，还设有一圈滑道，滑道内设有若干凸齿；安装座，设有若干通孔，通过卡扣结构与旋转盘连接；荧光通道，设在通孔的远离安装座一侧；驱动装置，包括：电机，设在镜筒外侧；输出轴，设置在电机上，输出轴上设有与凸齿相啮合的齿轮；控制装置，设在底座侧面，连接电机。具有以下有益效果：结构简单，操作方便且提升了获得荧光图像的效率和保证了荧光图像的真实性。