本实用新型公开了一种水空两栖跨介质多旋翼飞行器控制系统，该系统包括设置在飞行器机身上的主控制器、驱动子系统、监测子系统、配重子系统、通信子系统和传感器子系统；驱动子系统包括第一电调、防水舵机、涵道推进器和防水无刷电机；监测子系统包括温湿度传感器和电池电量检测模块；配重子系统包括第二电调和与第二电调连接的抽排水装置；通信子系统包括无线通信模块和有线通信接口；传感器子系统包括惯性测量传感器、定位模块、摄像头传感器和水下声学定位模块。本实用新型能够控制水空两栖跨介质多旋翼飞行器在空中平稳的飞行、水下稳定航行、以及实现水—空和空—水两种运动介质的过渡，具有控制能力强，系统结构简单等优点。