本发明公开了一种基于一体化手术机器人的坐标配准方法，具体包括如下步骤：S1、将标尺固定在机械臂末端，并移动至C臂成像范围内；S2、对标尺进行3D扫描，得到标尺上的各靶点中心基于C臂空间体数据的坐标；S3、计算标尺上的各靶点中心基于机械臂的坐标；S4、计算C臂三维成像空间与机械臂基座之间的坐标转换关系；S5、对标尺进行自交叉校验证。本发明基于一体化设计的移动式C臂和机械臂，完成两个系统坐标标定的同时，也能够检测标尺适用性，定位精度测试与参数优化。集成了坐标标定与定位精度功能的标尺装置，实现了一体化机器人可以结合影像与机械结构的数据，不需要在术中做两个系统的坐标配准，从软硬件层面完成了整合。