本发明公开了一种加速度频域分段伺服控制方法及控制器。方法将时域参考加速度通过频域分段处理方法处理后，获得合成参考加速度，对合成参考加速度进行二次积分计算后获得参考位移，利用位移伺服控制方法将参考位移和振动系统硬件的状态反馈信号进行计算得到控制输出电压。应用上述方法的加速度伺服控制器利用加速度频域分段伺服控制方法对时域参考加速度和状态反馈信号进行处理，获得控制输出电压。本发明提高了频率响应函数H的高频成分，提高了加速度功率谱密度控制精度，减少了电液随机振动系统的加速度功率谱密度再现过程时间；控制器中初始状态采样比一般的给初始状态置零的方式减少了加速度伺服控制内环在启动时的时域响应误差。