本发明公开了一种轮腿复合式挖掘机自主移位控制系统及控制方法，包括主控制器、定位导航装置、轮速计、下位机控制器、液压系统、执行机构、传感器系统；所述主控制器负责规划和逻辑控制，根据的接收下位机信息，形成目标控制量；所述定位导航装置实现挖掘机航向、姿态和位置检测；所述轮速计由霍尔传感器和感应装置组成，实现挖掘机的行驶速度检测；本系统及方法在无人工干预的情况下，通过对轮腿复合式挖掘机的挖掘装置和底盘机构复合控制方式，实现轮腿复合式挖掘机的整机移位，以及变换位置后的姿态调整。