本发明提出一种环保作业的无人艇控制方法及应用其的无人艇系统，其中方法包括以下步骤：根据预设作业点的位置，生成路径规划航线；控制无人艇追踪路径规划航线，同时控制放下清扫装置对途径的水面进行清理，通过水质监测传感器对水体的水质进行探测；无人艇控制采用分离式控制方法，包括外环制导和内环控制；外环制导：根据无人艇实际位置与规划航线的距离误差，计算出期望艏向角ψ_ref；内环控制：根据期望艏向角ψ_ref计算出期望的舵角，计算并输出无人艇两个推进器的油门，通过两个油门的差速控制无人艇的航向和航速；本发明能够保证无人艇的行驶路径，且有效对路径上的垃圾进行清理，并对路径上的水质进行探测，保证水体的清洁干净无污染。