本发明公开了一种荔枝种胚发育程度的图像识别检测方法，步骤包括使用工业线阵相机扫描荔枝种胚切面，获得种胚彩色图，对种胚彩色图进行预处理，包括降噪，边缘识别和灰度化，得到种胚灰度图，识别种胚灰度图获得败育系数，根据多个取样周期的败育系数判断荔枝种胚败育的关键时期。本发明实现了以统一的标准识别荔枝败育情况，明确不同荔枝品种胚败育发生的关键时期及败育表现对后期QRT‑PCR检测候选基因表达及的取样时期具有非常重要的指导作用。