本发明涉及一种海洋声学导航系统误差改正方法，包括以下步骤：S1、通过海底基准定位数据进行海域内系统误差值的解算，得到残差向量；S2、基于S1中系统误差估计的残差向量，通过经验模态分解和函数拟合进行声速长周期误差建模，得到二次估计的观测模型，通过基于随机过程的卡尔曼滤波算法进行系统误差及位置值的解算，进而得到精确的位置值和海域内的系统误差值；S3、基于S1及S2中得到的系统误差的估计结果，采用二项多项式拟合方法进行系统误差的建模，得到系统误差与时间、位置的函数关系；S4、进行斜距误差修正；S5、采用抗差卡尔曼滤波方法进行动态载体的位置解算，将解算出的位置坐标与其它传感器进行对比，进行算法的精度验证。