本发明涉及一种黑障情况下惯性基组合导航系统误差补偿方法及系统，包括：基于惯性导航系统的误差模型，建立误差补偿的系统状态方程；获取当前时刻之前的每个时刻惯性基组合导航系统的量测数据，作为实测数据集合；根据实测数据集合和误差补偿的系统状态方程，采用卡尔曼滤波方法确定上一时刻的系统状态估计值；当前时刻为黑障出现时，根据上一时刻的系统状态估计值采用线性最小方差估计方法，确定当前时刻的系统状态估计值；利用当前时刻的系统状态估计值修正惯性导航系统的误差。通过本发明的上述方法，在黑障环境下对惯导系统进行误差在线补偿，使组合导航系统保持较高的导航定位精度，增强惯性基组合导航系统对黑障等复杂环境的适应能力。