本发明提供一种神经导航坐标计算方法、装置及设备，该方法包括如下步骤：获取标准坐标系数据以及目标对象的个体结构脑影像数据，所述标准坐标系数据包括x、y、z三个维度值；基于所述标准坐标系数据对所述个体结构脑影像数据进行图像配准，将所述个体结构脑影像数据配准至标准结构脑模板；基于进行图像配准过程中产生的变换信息对配准的个体结构脑影像数据进行坐标计算，得到个体坐标数据。通过实施本发明，能够获取到精准的神经导航坐标，而且减少了个体间的差异，自动化程度高，节省了大量时间，提升了工作效率。