本发明公开了一种基于多视图图卷积网络的微生物‑疾病关联预测方法，所述方法包括：获取微生物和疾病的对应关系数据，构建邻接矩阵；根据邻接矩阵，分别基于多种相似性计算方法，获取多个微生物相似性视图和多个疾病相似性视图；基于所述多个微生物相似性视图和多个疾病相似性视图，依次经由图卷积网络、多通道注意力网络和卷积神经网络，学习微生物多视图特征嵌入和疾病多视图特征嵌入；根据微生物多视图特征嵌入和疾病多视图特征嵌入，得到微生物和疾病之间的相关预测矩阵。本发明通过多视图多通道图卷积网络，能够充分挖掘微生物与疾病之间的潜在关联关系，提高预测的准确率。