本发明提供了一种基于投影和对比学习的疾病‑微生物关联预测系统，包括：数据获取模块，被配置为：获取疾病和微生物参量数据；无权投影模块，被配置为：将根据参量数据构建的二分网络进行无权投影，得到疾病‑疾病关联以及疾病‑微生物关联；特征提取模块，被配置为：根据疾病‑疾病关联以及疾病关联图对比学习得到疾病特征，根据疾病‑微生物关联以及微生物关联图对比学习得到微生物特征；关联预测模块，被配置为：根据疾病特征、微生物特征和预设全连接网络模型，得到疾病‑微生物关联预测结果；本发明基于投影和图互信息对比学习，实现了疾病‑微生物关联的更快速和更准确预测。