本发明公开了一种基于条件随机场的图卷积网络预测微生物‑疾病关联方法，所述方法包括：获取微生物和疾病的对应关系数据，构建微生物‑疾病关联矩阵；根据所述微生物‑疾病关联矩阵，获取微生物之间和疾病之间的相似性矩阵，与微生物‑疾病关联矩阵整合得到邻接矩阵；对所述微生物之间和疾病之间的相似性矩阵分别进行特征提取，组合得到特征矩阵；基于图卷积网络，根据所述邻接矩阵和特征矩阵，生成嵌入向量；根据条件随机场对嵌入向量进行更新；根据更新后的嵌入向量对关联矩阵进行重构。本发明通过图卷积网络，充分挖掘了微生物和疾病的特征，通过引入CRF层，保证了相似的微生物或疾病在特征空间也具有相似的嵌入，提高了关联预测的准确性。