本发明提供一种医学影像器官精准自动分割方法及系统，方法包括：步骤1：提取器官的轮廓掩模信息；步骤2：利用器官轮廓掩模信息，基于深度神经网络进行目标区域分割；步骤3：对深度神经网络分割的目标区域进行最优化处理。本发明的医学影像器官精准自动分割方法及系统，使用器官轮廓掩模信息作为训练深度神经网络的输入，有利于解决医学影像中前景(目标)区域太小背景区域太大导致网络训练模型欠拟合或过拟合问题，在保证分割精度的同时，极大地优化了网络训练时间，提高了分割速度。