本发明公开了一种农田自动分割方法及系统，包括：获取原始的遥感影像，将原始的遥感影像裁剪成影像块，依次输入到农田粗分割网络的编码器模块，得到不同尺度下的农田特征；根据所述不同尺度下的农田特征和卷积网络中的浅层特征解码得到粗分割结果；利用粗分割结果定位所述原始的遥感影像中属于农田的像素，通过由卷积神经网络构成的农田细分割网络对所述像素进行二次判断，剔除粗分割结果中误分为农田的像素，得到细分割结果；将输入的所有影像块的细分割结果以均值叠加的方式拼接，完成原始大图的分割。优点：本发明能够解决农田尺度不一的问题以及避免将田埂等道路信息误分割为农田。