本发明公开了一种安全冗余的PLC通信控制系统，包括：冗余PLC通信端口、安全过滤模块、冗余模块、通信模块、安全隔离模块和控制模块。安全过滤模块用于数据监测、过滤和告警；冗余模块用于对命中预设流量类型的数据帧进行复制、消除和异常状态上报；安全监测分析模块，用于实时监测上述告警和异常状态，并上报至控制模块，控制模块的诊断控制功能会对异常状态进行导向安全操作，并可选择对异常数据进行分析；安全隔离模块，用于通信模块、控制模块和安全监测分析模块间的数据隔离和交换，避免模块间的直接连接。该系统在通信端口采用了冗余和过滤的安全传输机制，在控制器内部增加安全诊断控制和安全隔离机制，有效提高了系统的安全等级和可靠性。