本发明提供了一种基于常识融合的医疗自动问答方法及系统，包括：对训练语句分词，查询常识库和知识库，得到实体关系三元组；将三元组与训练语句融合编码；将融合编码后的训练语句随机选择部分实体掩蔽，将下句按固定概率替换成其他的随机语句，将得到的训练语料输入多层分区编码器训练；对问答数据中的问句进行分词和实体关系查询，并融合编码；问题的常识融合编码序列作为模型输入，将回答作为监督标签训练得到常识融合语言模型；搭建可视化医疗自动问答系统，通过前端将问题输入模型，将模型的输出作为回答显示到界面。本发明对用户问题没有类型限制，并且将常识和医疗知识融合到语言模型中，在保证回答符合语法规则的同时，提高了专业性。