本发明公开了一种多电平逆变器多目标预测控制方法及系统，包括：从多电平逆变器空间电压矢量中选取共模电压为零的矢量作为候选矢量，并按照双矢量原则重新划分，建立新的空间矢量图；构建不含有权重因子的价值函数；将所述候选矢量按照零矢量、小矢量、中矢量和大矢量进行分类，将每一个中矢量带入所述价值函数中，确定每一个中矢量对应的候选大扇区；在每一个候选大扇区中确定出候选双矢量，基于减小开关损耗的原则，对双矢量进行排序；确定所述双矢量的占空比以及每一个矢量对应的开关序列，从而实现对多电平逆变器的驱动控制。本发明可以同时实现消除漏电流，提高电能质量，固定开关频率以及降低开关损耗等多目标控制。