本发明涉及一种基于明暗场和结构光检测的缺陷检测系统，包括上位机模块、结构光检测模块、明暗场检测模块和传输模块，传输模块连接结构光检测模块和明暗场检测模块，上位机模块执行以下指令：当待测镜片放置于结构光检测模块中时，控制投射装置将正弦条纹图案投射到待测镜片上，并控制一号采集设备采集结构光图像；对结构光图像进行相位分析，获取相位图；根据相位图，获取相位图中具有深度信息的缺陷位置；并将缺陷位置在待测镜片对应位置进行标注；控制传输模块将标注的位置移动至明暗场检测模块的二号采集设备正下方；控制二号采集设备采集明暗场图像。与现有技术相比，本发明具有检测精确度高等优点。