本发明公开了一种用于扑旋翼飞行器的质心控制系统，所述质心控制系统包括配重滑块和用于带动所述配重滑块在滑动平面上移动以调整位置的滑块驱动组件，所述滑块驱动组件包括可带动配重滑块沿第一方向移动的第一驱动机构和可带动配重滑块沿第二方向移动的第二驱动机构，所述第一方向所在的直线与所述第二方向所在的直线互不重合。本发明还公开了一种扑旋翼飞行器，所述扑旋翼飞行器包括上述的质心控制系统。本发明的质心控制系统及扑旋翼飞行器具有结构简单、重量轻、环境适应性好、控制效率高、可靠性强、无需反扭矩机构等优点，并可实现多个方向的灵活飞行。