一种用于大功率电力电子器件冷却系统的集成控制器，包括：数据处理电路、开关量采集电路、开关量输出电路、模拟量采集电路、模拟量输出电路；集成控制器工作时，由开关量采集电路采集冷却系统中的开关量输入信号，由模拟量采集电路采集冷却系统中的模拟量输入信号；数据处理电路接收到开关量输入信号和模拟量输入信号后，以经过预设的程序处理后的开关量输出信号和模拟量输出信号分别为开关量输出电路和模拟量输出电路的输出；集成控制器通过采集水冷系统的各个开关、阀门、温度、压力、流量等信号状态，由装置内部程序进行处理后控制水冷系统的水泵、加热器、三通阀等部件的开关，实现水冷系统自动控制运行的要求。