本申请涉及一种虚拟分子筛选系统、方法、电子设备及计算机可读存储介质。该系统包括主动学习调度器、分子评估替代模型、分子挑选模块、分子评估模块、以及分子推荐模块，通过模块化的整体构架设计思路，将分子评估、分子挑选及分子评估替代模型分开，由主动学习调度器来实现各个模块的过程串接与接口统一，从而使得分子评估、分子挑选以及分子评估替代模型的选择均可与整个分子筛选过程解耦，方便能实现各个模块功能的扩展与集成，以迭代的方式从虚拟分子库中挑选合适的分子训练下一个分子评估替代模型，相较于对整个虚拟分子库中所有分子进行历遍筛选，能够更快更准确的挑选出大部分符合要求的虚拟分子，加快分子筛选速度，有效节省算力。