本发明公开了用于电子级多晶硅生产系统的在线监测痕量杂质的方法。该方法包括：在还原炉的入口侧设置第一微型反应器，第一微型反应器的原料端和还原炉的原料端分别独立地与第一三氯氢硅管线、氢气管线相连，第一微型反应器的结构与还原炉的结构相同，第一微型反应器内设有沉积载体，利用第一微型反应器使三氯氢硅沉积形成第一硅棒；将第一硅棒区熔成第一单晶硅，通过测试第一单晶硅的杂质含量，判断供给至还原炉内的三氯氢硅的纯度和/或氢气的纯度，并预测最终制得的电子级多晶硅的纯度。该方法简单、高效，能提高在线监测测试结果的可靠性和准确性，且测试结果不仅可作为调节提纯三氯氢硅的工艺参数的参考依据，还能预测电子级多晶硅的纯度。