本发明公开了一种提高荧光成像清晰度的方法，包括，求取接收的成像信号平滑处理的功率谱，计算清晰度；根据所述清晰度的大小设定阈值识别常规成像信号，若不能识别，则搜索平滑后的功率谱谱峰；若谱峰为2，则是2FSK，若不为2，则将所述常规成像信号进行平方处理和所述功率谱进行平滑处理；利用最小二乘法拟合瞬时频率，进行局部去噪，输出得到较高清晰度的成像信号。本发明方法通过对荧光成像的信号进行特殊处理，获得较好的频率信号，即得到较高的清晰度，减少了繁杂的运算，能够很好地应用于植物胁迫分析研究。