本申请涉及荧光光谱检测技术领域，尤其涉及一种多重荧光耦合检测方法、装置及系统、终端和存储介质。其中，该方法包括对至少两个目标样本中每一个目标样本利用至少两种荧光物质进行荧光标记，得到至少两个标记后的目标样本；采用宽谱光源照射至少两个标记后的目标样本，利用集成式光谱成像传感器对所有照射后的目标样本进行拍摄，以得到一张采集图像；对采集图像进行解耦重建，从而得到每个标记后的目标样本对应的混合荧光光谱曲线；基于多重荧光耦合模型，根据每个标记后的目标样本对应的混合荧光光谱曲线确定每个标记后的目标样本中包含的检测物种类和浓度。采用上述方案的本申请可以一次性测量实现多样本、多重荧光检测的定性分析和定量分析。