本发明涉及一种基于长基线声学定位系统的深水跨接管安装测量方法包括以下步骤：S1、根据设计的基阵位置，布设长基线声学定位系统信标进行海底长基线测量系统布阵，通过平差计算最终获得基阵绝对坐标和深度，作为水下定位的控制网点；S2、在陆地进行测量中轴偏移量和压力帽顶部到轮毂面的高差；S3、在两个结构物上安装测量传感器并量取相应的三维偏移距数据；S4、测量过程中实时对步骤S3采集的数据进行预处理。本发明的优点在于：1.针对性强，专门针对水下设施跨接管连接测量作业；2.应用场景广，可应用超过30米作业深度的所有海上建设需要，替代潜水员水下测量作业；3.精确度高，精度不受作业水深影响。