本发明提供了一种振镜扫描装置的标定方法、系统、设备及存储介质，所述振镜扫描装置包括光源、相机和振镜，包括：获取预建立的振镜扫描模型，所述振镜扫描模型基于所述振镜对入射光反射形成的反射光平面建立，所述反射光平面与所述相位信息相关联且与振镜的转动轴具有交点；根据多个点的三维坐标(x_C,y_C,z_C)对应的相位值Φ对所述振镜扫描模型进行优化求解生成模型参数；根据所述反射光平面与相位值Φ相关联的函数以及所述相机中像点与相机光心点的连线形成的直线确定物点的坐标。本发明中能够实现被测对象的三维形貌信息的快速计算，相对于基于转动轴与振镜完全同轴的标定方法避免了因转动轴与振镜安装时不同轴引起的计算误差。