本发明公开了一种检测牛奶和乳制品中A1β‑酪蛋白和A2β‑酪蛋白含量的方法。该方法包括：利用嗜热菌蛋白酶对待测牛奶或乳制品进行酶切处理，以便得到酶切后的蛋白待测液；以及利用液相色谱‑串联质谱系统对所述酶切后的蛋白待测液进行检测，基于特征肽段的检测信息，以便获得所述牛奶或乳制品中A1β‑酪蛋白和A2β‑酪蛋白的含量。该方法采用嗜热菌蛋白酶对牛奶或乳制品的蛋白进行酶切，酶切的速度快，时间短，杂质少，并且获得的A1β‑酪蛋白和A2β‑酪蛋白的特征肽段的长度和组成差异明显，并且肽段的质量小，使二者易于分离和检测，检测的灵敏度和准确度高。