本发明公开了一种复材壁板微小阵列孔通孔率检测系统，属于航空复合材料制造技术领域，包括检测计算机、数据采集处理单元和与检测计算机电连接的运动单元，其特征在于：所述运动单元包括示教器、运动机构、用于控制运动机构的控制器和用于对运动机构进行精度补偿的精度补偿模块，所述数据采集处理单元包括用于采集制孔表面形貌的二维点云轮廓数据的数据采集传感器和用于对数据进行分析诊断并过滤噪声点云的数据处理模块，所述数据采集传感器与数据处理模块电连接，数据处理模块与检测计算机电连接。本发明能够实现微小阵列孔通孔率的自动化检测，不仅能够进行快速检测，而且能够有效提高检测精度。