本申请涉及一种CCS预测模型构建方法、装置、设备及可读存储介质，涉及生物信息学技术领域，包括获取肽段CCS训练集，肽段CCS训练集包括多个肽段序列以及与各个肽段序列一一对应的实验CCS值；基于one‑hot向量对每个肽段序列中的多个氨基酸进行编码得到氨基酸向量，将每个氨基酸向量与对应的肽段序列进行编码得到对应的二维矩阵；基于二维矩阵和实验CCS值对编码‑解码模型进行训练，生成CCS预测模型，编码‑解码模型包括编码部分和解码部分，编码部分的亚编码器包括多头自注意力网络和前回馈网络，解码部分包括卷积神经网络和四层全连接网络。本申请可实现对肽段CCS的准确和高效的预测。