本发明涉及多模态鲁棒自抗扰运动控制方法及系统。所述方法包括依次执行的如下步骤：根据被控系统信息，判断被控系统当前所处的控制模态；其中，所述被控系统信息包括被控系统的状态信息；根据所述被控系统当前所处的控制模态，确定与所述被控系统当前所处的控制模态对应的理想控制指令；根据所述被控系统信息和所述理想控制指令，确定所述被控系统的实际控制指令。本发明的控制方法及系统能够实现所述控制方法能够实现对理想控制指令的修正得到实际控制指令，抑制不同模态控制规律转换时被系统的瞬态响应，实现多模态系统的控制，提高了控制精度以及被控系统的稳定性，使得多模态被控系统具有较强的鲁棒性。