一种用于质谱成像数据的交互式空间分割方法，涉及质谱成像数据分析技术领域。包括：将原始数据经过谱峰对其、谱峰提取和谱峰合并等预处理得到质谱成像数据；对质谱成像数据进行无监督降维得到嵌入图像；构建无监督分割模型对嵌入图像进行预分割；将用户的先验知识表示为涂鸦信息对分割模型进行正则化约束；在预分割结果不合理的区域进行交互式微调，得到更合理的分割结果。可以充分利用用户不完整的、不精确的先验知识，提高质谱成像数据分割结果的合理性；避免由于无监督分割模型产生的结果不稳定、或与研究问题不相关等问题，提高质谱成像数据后续分析的可靠性和准确性。