本发明公开了一种基于USB协议的芯片验证系统，包括验证主机、待测芯片及第一接口模块，第一接口模块连接于验证主机与待测芯片之间，以为验证主机与待测芯片建立通信连接；其中还包括：第二接口模块及文件处理模块，第二接口模块连接于待测芯片与文件处理模块之间，第二接口模块将设定的信号从待测芯片读取至文件处理模块，文件处理模块将接收到的读写数据合并，并剔除异常数据，对比同一地址下的读、写数据。相应地，本发明还公开了一种基于USB协议的芯片验证方法本发明利用可扩展的芯片接口模块，待测芯片内部的数据进行读取，并进行对比分析，大简化了验证工作的流程，能以较低的时间和人力成本，较高的验证效率处理芯片验证的工作问题，降低了企业生产运营成本。