本发明提供了一种应用于高轨卫星的抗总剂量加固优化计算方法及系统，涉及卫星抗辐射设计技术领域，面向高效费比，构建卫星抗总剂量加固的效费比优化模型。该模型将抗总剂量设计余量(RDM)作为评价指标，以不同类型的星用元器件的质量等级、抗总剂量能力为核心参数，建立抗总剂量加固成本与元器件等级、屏蔽质量的参数模型。然后以效费比为目标函数，采用基于梯度的优化方法，对卫星抗总剂量加固进行优化设计，并对优化过程中的不确定性进行分析讨论。本发明可操作性与可实现性强，能够在满足卫星寿命和抗总剂量加固要求的前提下，提高卫星系统的在轨可靠性，并有效降低研制成本。